省烟科院成立于1955年,2009年4月更名为云南省烟草农业科学研究院,2012年12月本部搬迁至昆明,形成“一院一中心一基地”分布格局(昆明院本部、玉溪实验中心、玉溪研和试验基地)。1995年增设中国烟草育种研究(南方)中心,2014年增设国家烟草基因工程研究中心和博士后科研工作站。
云南省烟草农业科学研究院作为行业科技创新的重要力量和核心骨干,肩负着用科技支撑烟叶生产、用技术服务品牌发展的历史责任。云南省烟草农业科学研究院时刻牢记使命,与科学共进,与行业同行,紧跟世界烟草前沿科技,支撑烟叶生产、服务品牌发展,人才辈出,硕果累累,初步形成研究领域广泛、科研设施完备、技术水平先进、创新能力较强、在国内外具有一定知名度的烟草农业科研单位,为行业科技进步、持续健康稳定发展和行业安全做出了不可替代的重要贡献。