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西安交通大学口腔医院始建于1950年的国立西北医学院附属医院牙科专科门诊。1956年5月改名为西北医学院第二附属医院口腔科，同年9月改名为西安医学院第二附属医院口腔科，1958年成立了口腔科学系。1975年经国家教育部批准，建立了“西安医学院口腔医学系”。1985年3月经国家卫生部批准，成立了西安医学院附属口腔医院，同年6月更名为“西安医科大学口腔医院”，1991年成立了口腔医学院。2000年西安医科大学与西安交通大学合并，更名为“西安交通大学口腔医院”，2012年増名西安交通大学口腔医学院。经过几十年的发展，现已是西北地区唯一的国家卫生健康委委属委管的集医疗、教学、科研、预防保健为一体的大型三级甲等口腔专科医院。 医院学科门类齐全，目前拥有口腔医学博士后科研流动站、口腔医学一级学科博士点、口腔生物医学交叉学科博士点、口腔医学一级学科硕士点。医院拥有众多国家级、省级平台，是国家口腔区域（西北）医疗中心建设单位、国家药物临床试验机构资格单位、国家口腔住院医师规范化培训基地、国家专科（颌面外科）医师规范化培训基地、国家卫健委继续医学教育基地、国家口腔执业医师实践技能考试与考官培训基地、西北地区口腔医学专业师资培训中心、陕西省首批美容外科及美容牙科主诊医师培训基地、陕西省牙颌疾病临床研究中心、陕西省颅颌面精准医学研究重点实验室、陕西省牙病防治指导中心及陕西省医师协会口腔医师分会挂靠单位、国家口腔医学中心口腔黏膜病专科联盟成员单位、国家口腔医学中心口腔颌面外科专科联盟成员单位等。