昆明医科大学口腔医学院始建于1979年，前身为昆明医学院口腔系，1979年秋正式招收口腔医学专业五年制本科，是国内较早培养口腔医学本科生的医学院校之一。2000年更名为昆明医科大学口腔医学院，2010年，云南省医学高等专科学校口腔系并入学院。 昆明医科大学口腔医学院、昆明医科大学附属口腔医院和云南省口腔医院实行“三块牌子一套班子”的管理体制，是云南省口腔医学教学、科研、医疗和预防保健中心。