江苏省中医药研究院、江苏省中西医结合医院始建于1956年，首任所长为著名中医药学家、学部委员（院士）叶桔泉教授。2013年6月，成为中国中医科学院首个地方分院，2023年7月，增挂“江苏省职业病医院”，是专业从事中医药研究的省属公益类科研机构、综合性三级甲等中西医结合医院，同时还是南京中医药大学附属中西医结合医院、第三临床医学院，是全国首批重点中西医结合医院、国家药物临床试验机构、国家中医类别全科医师规范化培训基地、国家中医住院医师规范化培训重点专业基地、国家中医紧急医学救援队伍及基地依托医院、江苏省中医综合类紧急医学救援基地、江苏省平安医院和老年友善医疗机构优秀单位、南京市健康促进医院、美国心脏协会（AHA）授权的专业急救技能培训基地。2017年入选全国中医药传承创新工程省级中医药科研机构项目储备库，2018年成为国家中医临床研究基地建设单位，2022年被列入国家中医药传承创新中心项目储备库，获批成为江苏省公立医院高质量发展省级试点建设单位。2023 年成为省级公立医院高质量发展试点建设单位，获批南京市中医药传承创新发展示范试点项目（旗舰医院建设）。2024 年9 月医院外科病房暨转化医学综合楼进入试运行阶段。医院 2022 年国考等级为 A 等，全国排名第 7。