深圳市第三人民医院（南方科技大学第二附属医院），是深圳市及周边地区突发新发传染病的定点收治医院，同时拥有国家感染性疾病临床医学研究中心、国家感染性疾病临床重点专科、广东省突发新发传染病诊治重点实验室和深圳市病原微生物与免疫学重点实验室等研究平台。医院配套实验室面积4682平米，建设有BSL-3实验室（具有高致病性禽流感病毒、HIV、新型冠状病毒、结核分枝杆菌的相关操作活动资质）和SPF级动物室，其中生物安全二级实验室面积3900平米，BSL-3实验室391平米，动物实验室391平米。购置的科研设备总价值超过2亿。包括illumina四代高通量测序仪、SequenomMassarray生物芯片质谱系统、Zeiss共聚焦显微镜、高效液相色谱仪、超速离心机、磁珠细胞分选器、激光显微切割仪等。建立完善了高通量MassARRAY核酸分析平台、细胞免疫分析技术平台、分子生物学技术平台、实验动物技术平台等。近5年来，医院先后承担国家重大科技专项24项，国家、省自然科学基金33项，累计获得科研经费超过5亿元；自2020年来在《N Engl J Med.》、《Lancet》、《JAMA》、《Science》、《Cell》、《Nature》等杂志共发表SCI论文200余篇，累计影响因子近2000分；国家、省、市级奖项9项，获得发明专利十余项。复旦大学医院管理研究所发布《2020年度中国医院排行榜》，本院进入全国百强医院榜单；中国医学科学院发布2021年度中国医院/中国医学院校5年科技量值（STEM）排名中，本院传染病学和结核病学双双位列全国第4位。