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复旦大学基础医学院历来以师资实力雄厚、基础扎实而著称。其前身为上海第一医学院基础医学部，建于1955年4月，拥有一批我国基础医学学科的创始人和开拓者，并为国内外培养了一大批基础医学各学科优秀师资和学术带头人，在我国医学教育和研究发展史上具有举足轻重的地位。1992年12月基础医学部更名为基础医学院。2000年4月，上海医科大学和复旦大学合并，组建为新的复旦大学。2001年7月27日，撤销复旦大学基础医学院、临床医学院建制，组建复旦大学医学院，2002年更名为复旦大学上海医学院。2012年9月4日，恢复复旦大学基础医学院建制。 学院现有国家一级重点学科3门（基础医学、中西医结合学、生物学），国家二级重点学科7门（人体解剖与组织胚胎学、病原生物学、病理学、中西医结合学、神经生物学、生理与病理生理学、生物化学与分子生物学）。2000年学院荣获优秀“国家理科基础教育和教学人才培养基地”称号，2007年基础医学学科成为首批国家一级学科重点学科，2008年教育部一级学科评估中并列全国第一，2012年入选上海高校一流学科（A类）建设计划，2015年入选上海市“高峰学科”，2017年入选国家首批“双一流”学科建设名单，2018年，基础医学入选“上海高水平地方高校试点建设项目”，2019年入选“国家一流专业建设点”，2020年基础医学专业入选拔尖计划2.0培养基地和首批“强基计划”试点专业，2022年蝉联国家第二轮“双一流”学科建设名单。学院也是我国最早开展基础医学本科教学、研究生教育的单位，也是国内首批一级学科博士学位授予点和博士后流动站。学院设有本科生专业2个，博士后流动站3个，一级学科博士点5个，二级学科博士点16个，硕士点16个。在读本科生1603人，在读研究生590人，其中硕士研究生210人、博士研究生380人。 近年来，学院坚持“引进与培养并重”的人才战略，形成了结构合理、多学科交叉的梯队。现有教职员工322人，其中正高级职称75人，副高级职称114人。硕士生导师66人、博士生导师76人。其中院士3名（闻玉梅、徐国良、马兰），重点联系专家5名，“长江”“ 杰青”同等人才22名，国家“四青”人才24名，获批5个“上海高水平地方高校创新团队”。在此基础上，学院不断扩大引进力度，近五年来引进海内外优秀人才60余人，包括院士2名，国家高层次人才3名，以及国家“四青”人才6名。 基础医学院始终遵循创建之初学风严谨的优良传统，注重对学生的基础训练，加强对科研工作的指导。经过半个多世纪的创业、创新，依托复旦大学的综合优势，在学科建设、人才培养、科学研究等方面取得优异成绩。学院教师主编大型参考书、全国医学教材20余部，大型参考书《现代医学微生物学》《现代免疫学》《组织学》等多次荣获国家图书奖。现有国家级精品课程4门（医学遗传学、局部解剖学、法医学 、医学导论），上海市精品课程14门，国家级教学团队1个（细胞与分子医学教学团队）。 近五年，获国家级教学成果一等奖和二等奖各1项，获上海市教学成果特等奖1项、一等奖3项和二等奖1项，作为主编或副主编，编写国家级规划教材12部，入选首批国家级一流本科课程2门，国家精品在线开放课程3门，国家级精品资源共享课3门。学院被评为“全国教育系统先进集体”，病原生物学系医学微生物学教师团队被教育部评为“全国高校黄大年式教师团队”，基础医学实验教学中心被教育部评为“国家级基础医学实验教学示范中心”，闻玉梅院士获评“上海市教育功臣”、教育部首批“杰出教学奖”，袁正宏教授获评上海市“为人、为学、为师”先进宣传典型。在科学研究方面，近五年，累计获得科研经费7.64亿元。牵头承担国家重点研发计划和国家中长期重大专项10项，作为课题或者任务参加国家重点研发计划24项和国家中长期重大专项20项，承担国家自然科学基金委重点项目和重大研究计划19项，，获上海市科学技术奖自然科学奖一等奖1项、上海市科学技术奖科技进步一等奖/二等奖各1项、高等学校科研研究优秀成果一等奖/二等奖各1项，上海医学科技奖一等奖和二等奖各1项，中华医学科技三等奖1项。申请专利171个，专利转让2500万元。 此外，在强基固本、夯实国内一流水平的基础上，学科加强国际合作，以科学研究为核心，在“科研合作、平台建设、人才交流”等国际合作方面取得了系列成果，近三年已累计在Nature、Science等国际顶尖期刊及其子刊和其他国内外知名期刊上发表国际合作论文近200篇，研究成果获得国际学术界广泛关注。